Badan Karantina Indonesia (Barantin) adalah lembaga pemerintah nonkementerian yang bertanggung jawab atas karantina hewan, ikan, dan tumbuhan, serta pengawasan keamanan hayati. Sebelumnya, tugas-tugas ini dibagi antara Badan Karantina Pertanian dan Badan Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan (BKIPM). Berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 45 Tahun 2023, kedua badan tersebut digabungkan menjadi Barantan pada 20 Juli 2023.
Sejak awal, karantina pertanian di Indonesia berada di bawah Departemen Pertanian, dengan tugas mencakup karantina hewan, ikan, dan tumbuhan yang sebelumnya dijalankan oleh unit-unit yang terpisah. Pada 2001, karantina ikan dipindahkan ke Departemen Kelautan dan Perikanan. Setelah itu, pada 2008, karantina hewan dan tumbuhan digabungkan menjadi Karantina Pertanian, dan terbentuk 52 unit pelaksana teknis karantina di seluruh Indonesia
Untuk mendukung perlindungan sumber daya alam dan sektor pertanian, pada 2019, Undang-Undang Nomor 21 Tahun 2019 menggantikan Undang-Undang sebelumnya, mengatur tentang karantina hewan, ikan, dan tumbuhan. Pada 2023, penggabungan ini membentuk Badan Karantina Indonesia, yang bertanggung jawab langsung kepada Presiden.
Balai Karantina Hewan, Ikan dan Tumbuhan Maluku Utara yang menjadi bagian dari Badan Karantina Indonesia, sebelumnya dibentuk dengan menggabungkan dua unit pelaksana teknis pada 3 April 2008, yakni Stasiun Karantina Hewan Kelas II Ternate dan Stasiun Karantina Tumbuhan Kelas II Ternate. Setelah terbentuknya Badan Karantina Indonesia, dilakukan perubahan nomenklatur dari Barantan (Badan Karantina Pertanian) menjadi Barantin (Badan Karantina Indonesia) berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 45 Tahun 2023. Peraturan tersebut menyatukan fungsi karantina pertanian, ikan, serta pengawasan hasil perikanan dan kehutanan ke dalam satu lembaga nonkementerian yang berada langsung di bawah Presiden. Badan Karantina Indonesia (Barantin) resmi berdiri pada tanggal 20 Juli 2023 sebagai upaya memperkuat sistem keamanan hayati nasional.
Sejak saat itu, Balai Karantina Hewan, Ikan, dan Tumbuhan Maluku Utara memiliki lima (5) Satuan Pelayanan dan lima (5) Pos Pelayanan yang tersebar di berbagai lokasi strategis di Provinsi Maluku Utara. Satuan Pelayanan tersebut meliputi Bandara Sultan Babullah, Pelabuhan Laut Tobelo, Pelabuhan Laut Bacan, Pelabuhan Laut Morotai, dan Pelabuhan Laut Sanana. Adapun Pos Pelayanan meliputi Pelabuhan Laut Ahmad Yani, Pelabuhan Penyeberangan Bastiong, Pelabuhan Laut Jailolo, Pelabuhan Laut Weda, serta Kantor Pos Ternate.