Badan Karantina Pertanian senantiasa melakukan pengawasan terhadap penyelenggaraan perkarantinaan melalui Unit Pelaksana Teknis Karantina Pertanian yang tersebar diseluruh Indonesia. Hal ini sebagaimana diamanatkan Undang-Undang Nomor 21 Tahun 2019 Tentang Karantina Hewan, Ikan dan Tumbuhan yang dilakukan untuk melindungi kelestarian sumber daya alam hayati dari ancaman Hama Penyakit Hewan Karantina (HPHK) dan Organisme Pengganggu Tumbuhan Karantina (OPTK). Selain pengawasan di lapangan, Badan Karantina Pertanian juga melakukan penindakan terhadap pelanggar ketentuan peraturan perundang-undangan karantina. Untuk melakukan pengawasan dan penindakan Badan Karantina Pertanian telah mempersiapkan sumber daya manusia yang mumpuni yaitu antara lain Intelijen Karantina, Polisis Khusus (Polsus), dan Pejabat Penyidik Pegawai Negeri Sipil (PPNS) Karantina. Dalam rangka menjaga kompetensi dan kualitas SDM didukung dengan diklat yang bekerjasama dengan lembaga Diklat Kepolisian Republik Indonesia maupun dalam bentuk workshop, seminar dan lainnya.
