Logo Badan Karantina Indonesia mencerminkan makna sistemperlindungan yang utuh, menyeluruh dan kuat terhadap berbagai ancaman masuk dan tersebarnya hama penyakit hewan, ikan, dan tumbuhan, juga termasuk pengawasan keamanan pangan serta pengendalian mutu pangan dan pakan. Seluruh eleman berpadu dan bersatu dalam satu ikatan yang kuat baik dari segi keilmuan dan keutuhan serta ketegasan dalam mengambilsikap dan memberikan pelayanan terbaik bagi masyarakat. Logo tersebut juga mewujudkan kebulatantekad untuk melindungi dan menyongsong masa depan dalam pemanfaatan sumber daya alam hayati untuk sebesar-besarnya kemakmuran seluruh rakyat Indonesia.
LINGKARAN BERWARNA KUNING KEEMASAN
Lingkaran melambangan ke-KUAT-an proteksi, keutuhan tekad yang sempurna dalam melindungi sumber daya alam hayati Indonesia. Adanya dua lingkaran, juga menggambarkan ke-KUAT-an yang berlapis dalam upaya perlindungan tersebut. Sedangkan warna lingkaran kuning keemasan, mencerminkan ke-KUAT-an dan kehati-hatian dalam bertindak.
GARUDA PANCASILA
Lambang negara yang posisinya berada di tengah-tengah melambangkan bahwa Badan Karantina Indonesia selalu membawa nama baik bangsa dalam setiap keputusannya, oleh karena itu perlu kehati-hatian dan keseriusan dalam bertindak.
LINGKARAN BERWARNA COKLAT
Menggambarkan tanah air Indonesia yang memiliki kekayaan sumber daya alam yang melimpah. Tanah juga diartikan sebagai awal mula kehidupan, murni, hal ini sejalan dengan tugas Badan Karantina Indonesia yang menjaga plasma nutfah baik hewan, ikan maupun tumbuhan dari ancaman masuk dan tersebarnya hama dan penyakit.
LINGKARAN BERWARNA KEHIJAUAN
Bermakna keanekaragaman hayati yang dimiliki Indonesia, juga berarti ketulusan dari setiap insan karantina dalam menjalankan tugas, tidak memiliki niat dan motifasi lain, namun murni hanya untuk melindungi negara dari ancaman masuk dan tersebarnya hama dan penyakit hewan, ikan, dan tumbuhan baik antar area maupun dari dan ke dalam wilayah NKRI.
BINTANG 8 SUDUT
Merefleksikan 8 tindakan karantina yaitu Pemeriksaan, Pengasingan, Pengamatan, Perlakuan, Penahanan, Penolakan, Pemusnahan, dan Pembebasan pada tempat pemasukan dan pengeluaran. Juga bermakna cahaya dari Tuhan yang Maha Esa. Sehingga dalam setiap sikap, tindakan dan tutur katanya selain berasaskan moral, adab dan budaya, juga berdasarkan makna-makna ketuhanan.
TEKS BADAN KARANTINA INDONESIA
Merupakan nama lembaga, sekaligus mengemban amanat dari negara sesuai Undang-Undang No. 21 Tahun 2019 tentang Karantina Hewan, Ikan, dan Tumbuhan.