Visi
Menjadi Karantina yang Kuat dalam Melindungi Kelestarian Sumber Daya Alam Hayati yang Memakmurkan Kehidupan Masyarakat Untuk Mewujudkan Indonesia Maju yang Berdaulat, Mandiri, dan Berkepribadian berlandaskan Gotong Royong.
Karantina yang kuat diharapkan mampu menjalankan tugas dan fungsi dengan baik, menjaga integritas serta tidak mudah diintervensi, dapat melaksanakan tugas di segala kondisi secara konsisten dan berkelanjutan. Selain itu juga memiliki makna bahwa Barantin diharapkan menjadi institusi yang Kompeten, Unggul, Amanah dan Tangguh (KUAT).
Misi
- Menyelenggarakan sistem perkarantinaan yang holistik dan terintegrasi melalui kebijakan yang efektif serta layanan perkarantinaan yang profesional untuk melindungi sumber daya alam hayati,
- Membangun keterlibatan masyarakat dalam penyelenggaraan perkarantinaan,
- Membangun Tata Kelola Badan Karantina Indonesia yang bersih, efektif, dan terpercaya.