Dalam mewujudkan Karantina yang Kuat dalam melindungi kelestarian sumber daya alam hayati, Badan Karantina Indonesia senantiasa bersinergi dengan negara mitra dagang maupun instansi dalam negeri.
Kerja Sama Luar Negeri
Kerja Sama Multilateral
Badan Karantina Indonesia melakukan kerja sama luar negeri di bidang karantina secara multilateral dengan organisasi internasional pemerintah dan non-pemerintah.
Kerja Sama Sub Regional dan Regional
Badan Karantina Indonesia melakukan kerja sama luar negeri di bidang karantina dengan negara ASEAN, Negara mitra ASEAN, Mitra Non ASEAN, Intra kawasan dan antar kawasan.
Kerja Sama Bilateral
Badan Karantina Indonesia melakukan kerja sama luar negeri di bidang karantina secara bilateral.
Kerja Sama Dalam Negeri
Kerja Sama Antar Kementerian/Lembaga Non Kementerian
Badan Karantina Indonesia melakukan kerja sama dalam negeri di bidang karantina antar kementerian/ lembaga non kementerian.
Kerja Sama dengan Badan Usaha Milik Negara (BUMN)
Badan Karantina Indonesia melakukan kerja sama dalam negeri di bidang karantina dengan Badan Usaha Milik Negara.
Kerja Sama dengan Perguruan Tinggi
Badan Karantina Indonesia melakukan kerja sama dalam negeri di bidang karantina dengan Perguruan Tinggi.
Kerja Sama dengan Swasta
Badan Karantina Indonesia melakukan kerja sama dalam negeri di bidang karantina dengan swasta termasuk asosiasi.