1. Wilayah Batam (Pusat Layanan Terpadu)
- Kantor Induk Balai: Jl. M. Nahar No. 1, Belian, Batam Kota, Kota Batam.
- Satuan Pelayanan Bandara Hang Nadim: Mengawasi lalu lintas komoditas melalui udara.
- Satuan Pelayanan Telaga Punggur: Salah satu Satpel di Batam yang dikunjungi Kepala Karantina Kepri.
- Satuan Pelayanan Pelabuhan Sekupang: Meliputi pos domestik dan internasional.
- Satuan Pelayanan Pelabuhan Batu Ampar: Terlibat dalam penolakan produk impor.
- Satuan Pelayanan Pelabuhan Tanjung Pinggir: Bagian dari pos pelayanan yang ditinjau.
- Satuan Pelayanan Pelabuhan Harbourbay: Termasuk dalam pos pelayanan yang ditinjau.
- Satuan Pelayanan Pelabuhan Internasional Fery Gold Bengkong: Termasuk dalam pos pelayanan yang ditinjau.
2. Wilayah Tanjungpinang dan Bintan
- Satuan Pelayanan Bandara Raja Haji Fisabilillah (RHF) Tanjungpinang: Bertugas di Bandara RHF.
- Pos Pelayanan Pelabuhan Sri Bintan Pura (SBP) Tanjungpinang: Sering menjadi titik kegiatan pengawasan dan patroli laut.
3. Wilayah Lain
- Wilayah Natuna: Kepala BKHIT Kepri melakukan kunjungan kerja untuk melihat langsung giat ekspor ikan kerapu dan lobster di Sedanau, Natuna, yang menunjukkan adanya pengawasan di wilayah tersebut.