Kinerja kepatuhan dapat dilihat dari upaya penegakan hukum (law enforcement). Upaya penegakan hukum masih menjadi salah satu indikator kinerja utama (IKU) dan terus dilakukan oleh Badan Karantina Pertanian sebagaimana amanah dalam Ketentuan Pidana pada Pasal 86 hingga Pasal 91 Undang-undang Nomor 21 Tahun 2019 Tentang Karantina Hewan, Ikan dan Tumbuhan.
Selain dukungan pejabat Karantina Pertanian yang bertugas di lapangan, Karantina Pertanian juga memiliki dukungan sumber daya wasdak yang menjadi pilar utama penegakan hukum. Sumber daya tersebut antara lain Penyidik Karantina, Polsus Karantina dan Intelijen Karantina dengan tugas dan fungsi yang melekat pada masing-masing jabatan tersebut.
Upaya penegakan hukum karantina yang dilakukan oleh Karantina Pertanian dapat dilihat dari jumlah P-21 yang berhasil dituntaskan oleh SDM Wasdak Karantina Pertanian. P-21 adalah istilah hukum yang digunakan untuk menyatakan berkas-berkas penyidikan telah lengkap dan diserahkan kepada kejaksaan. Sepanjang tahun 2022 setidaknya ada empat kasus pelanggaran terhadap UU Nomor 21 Tahun 2019 .
Setiap kasus yang ditangani saat ini tidak hanya dapat diproses penegakan hukumnya menggunakan UU Nomor 21 Tahun 2019 namun jika memenuhi unsur pelanggaran terhadap undang-undang lain maka dapat diberlakukan “penegakan hukum multi undang-undang”. Sistem penegakan hukum multi undang-undang memungkinkan vonis yang diberikan kepada tersangka akan menjadi lebih berat. Hal ini bertujuan untuk meningkatkan kepatuhan masyarakat terhadap peraturan perundangan yang berlaku.
Penegakan hukum yang dilaksanakan oleh Penyidik Karantina tidak semata-mata didasarkan pada nilai-nilai keadilan dan ketertiban tetapi juga keefektifannya di dalam masyarakat. Tidak serta merta setiap pelanggaran akan diproses ke pengadilan, pendekatan humanis tetap dilakukan dengan tindakan karantina 3P (penahanan, penolakan, pemusnahan) yang diputuskan oleh Pejabat Karantina Pertanian sesuai peraturan perundang-undangan, selain itu dapat juga dilakukan pembinaan. Pembinaan dapat dilakukan berdasarkan pertimbangan para ahli dalam gelar perkara yang mengawali proses penyidikan.