Badan Karantina Pertanian sebagai salah satu institusi pemerintah memiliki tugas pokok dan fungsi mencegah masuk dan tersebarnya Organisme Pengganggu Tumbuhan Karantina (OPTK) masuk dan tersebar ke dalam wilayah Republik Indonesia. Selain itu, Badan Karantina Pertanian mengemban tugas tambahan untuk memastikan bahwa produk Pangan Segar Asal Tumbuhan (PSAT) yang masuk ke dalam wilayah Republik Indonesia aman untuk dikonsumsi dan tidak mengandung residu pestisida serta cemaran di atas ambang batas yang ditetapkan sebagaimana diatur dalam Peraturan Menteri Pertanian Nomor 55/PERMENTAN/KR.040/11/2016 tentang Pengawasan Keamanan Pangan Terhadap Pemasukan Pangan Segar Asal Tumbuhan.
Perkembangan transportasi, informasi serta kebutuhan masyarakat berdampak pada peningkatan arus ekspor dan impor komoditas khususnya hasil pertanian antar negara. Berkenaan dengan hal tersebut, Badan Karantina Pertanian sebagai salah satu instansi teknis yang bertugas di tempat pemasukan selalu berupaya untuk meningkatkan pelayanan dan mendukung kelancaran ekspor maupun impor komoditas pertanian dengan tanpa mengabaikan tugas pokok dan fungsinya.
Pengakuan baik terhadap area bebas OPTK tertentu maupun terhadap sistem keamanan pangan atau laboratorium di suatu negara diberikan oleh Badan Karantina Pertanian kepada negara mitra dagang yang berdasarkan hasil penilaian telah memenuhi persyaratan yang ditetapkan oleh Badan Karantina Pertanian.