Berikut adalah prosedur karantina untuk impor tumbuhan serta produk turunannya :

Komoditas yang masuk ke Indonesia telah melalui proses Analisis Risiko Organisme Pengganggu Tumbuhan (AROPT), cek melalui menu Phyto Req pada Website Badan Karantina Indonesia karantinaindonesia.go.id.
Laporkan pemasukan tumbuhan dan produknya ke Badan Karantina Indonesia melalui karantinaindonesia.go.id dengan memenuhi persyaratan terkait Tindakan Karantina Tumbuhan dan/atau Pengawasan.
Wajib dilengkapi Phytosanitary Certificate yang dikeluarkan oleh NPPO Negara asal.
Harus Dilengkapi dengan dokumen Prior Notice, dibuat oleh eksportir di negara asal melalui karantinaindonesia.go.id sebelum tumbuhan atau produknya dilalulintaskan ke Indonesia;
Dilengkapi Dokumen Lain terkait dengan tindakan karantina tumbuhan merupakan pemenuhan persyaratan teknis yang ditetapkan berdasarkan hasil AROPT.
Informasi persyaratan teknis impor dapat diakses melalui menu Phyto Req pada Website Badan Karantina Indonesia karantinaindonesia.go.id.
Pemenuhan persyaratan teknis dapat berupa keterangan tertulis yang dicantumkan dalam dalam Phytosanitary Certificate; dan/atau dokumen lain tersendiri.

Keterangan tertulis dapat memuat : pernyataan bahwa Media Pembawa OPTK berasal dari tempat produksi bebas OPTK atau prevalensi rendah OPTK; pernyataan bahwa Media Pembawa OPTK bebas dari OPTK yang dipersyaratkan sebagai hasil pemeriksaan kesehatan di negara asal; keterangan perlakuan Media Pembawa OPTK; keterangan pengelolaan risiko dan jaminan ketertelusuran di negara asal; dan/atau keterangan tertulis lainnya terkait persyaratan teknis tindakan Karantina Tumbuhan.
Dokumen lain tersendiri dapat berupa : sertifikat perlakuan, dan/atau sertifikat hasil uji laboratorium.

Dokumen Lain terkait pengawasan merupakan dokumen pengawasan yang dipersyaratkan untuk: keamanan pangan dan mutu pangan; keamanan pakan dan mutu pakan; PRG; SDG; agensia hayati; Jenis Asing Invasif; Tumbuhan Liar; atau Tumbuhan Langka.
Mengajukan Instalasi Karantina Tumbuhan/Tempat lain (TL) jika tumbuhan atau produknya tidak dapat dilakukan Tindakan karantina di Tempat Pemasukan.
Jika komoditas berupa Pangan Segar Asal Tumbuhan (PSAT), pemasukan PSAT dapat dilakukan dari:

negara yang telah memiliki pengakuan terhadap sistem pengawasan keamanan pangan;
negara yang memiliki laboratorium yang telah diregistrasi; dan
negara yang belum memilki pengakuan pengawasan sistim keamanan pangan atau negara yang belum memiliki laboratorium diregistrasi.

Masing-masing status negara tersebut diawasi dengan persyaratan yang berbeda. Dokumen yang harus dipenuhi oleh negara yang telah memperoleh pengakuan sistem pengawasan keamanan PSAT adalah Keterangan PSAT (Prior Notice) sedangkan untuk negara yang memiliki registrasi laboratorium penguji keamanan pangan adalah Keterangan PSAT (Prior Notice) dan Sertifikat Hasil Uji (Certificate of Analysis/CoA) yang diterbitkan oleh Laboratorium Penguji Keamanan Pangan negara asal yang telah direistrasi. Bagi negara yang belum memiliki pengakuan sistem keamanan pangan atau belum memiliki laboratorium yang diregistrasi wajib melengkapi Keterangan PSAT (Prior Notice) dan sertifikat keamanan pangan yang diterbitkan oleh Otoritas Kompeten Keamanan Pangan Negara asal atau Lembaga Sertifikasi yang terakreditasi.

Untuk komoditas berupa bibit, dilengkapi dengan surat izin pemasukan dari Kementerian Pertanian yang dapat diakses melalui https://perizinan.pertanian.go.id/portal-simpel/public/;
Melalui Tempat Pemasukan yang ditetapkan
Setibanya di tempat pemasukan, Importir wajib melaporkan dan menyerahkan komoditas tumbuhan dan produk tumbuhan berikut kelengkapan persyaratannya kepada Pejabat Karantina Tumbuhan untuk keperluan Tindakan Karantina Tumbuhan.
Dalam hal tumbuhan yang dilakukan pemasukan adalah tumbuhan liar, dokumen lain sebagaiman dimaksud adalah Surat Angkut Tumbuhan dan Satwa Liar Luar Negeri (SATS-LN) dari BKSDA setempat untuk tumbuhan liar yang dilindungi dan dokumen CITES jika tumbuhan liar masuk ke daftar CITES.
Terhadap tumbuhan atau produk tumbuhan yang telah selesai dilakukan Tindakan Karantina Tumbuhan dan/atau pengawasan dinyatakan memenuhi persyaratan serta bebas dari OPTK dilakukan pembebasan oleh Pejabat Karantina Tumbuhan dengan menerbitkan Sertifikat Pelepasan (K-9.2).

Prosedur impor tumbuhan dan produknya (termasuk PSAT)